DESCRIPCIÓN GENERAL
Una parte fundamental de los estudios metagenómicos microbianos es el tener acceso a una correcta base de datos que contenga las secuencias que identifican los taxones bacterianos, para poder comparar.
Bases de datos muy extensas, muy generales, van a dar unos resultados más inexactos debido a diferentes razones, tales como:
1) Anotaciones incorrectas.
2) Sesgos en la cantidad de bacterias dentro de la base.
3) Entradas duplicadas.
4) Entradas antiguas.
5) Entradas incompletas.
6) Datos muy generales, poco específicos de un tema o rama.
El numero de entradas no es sinónimo de calidad o robustez, si esto no se acompaña de datos de calidad. Grandes bases de datos, como SILVA o GreenGenes, tienen tasas de error cercanas al 20% (Edgar R. 2018. Taxonomy annotation and guide tree errors in 16S rRNA databases. PeerJ 6:e5030 https://doi.org/10.7717/peerj.5030)
En este sentido, el mejor enfoque pasaría por usar una base de datos concreta, derreplicada y curada para el estudio que se requiera realizar. Las características que debe tener una correcta base de datos serian:
1) Anotaciones lo más completas posibles (hasta nivel de especie, incluso subespecie o cepa).
2) Secuencias derreplicadas.
3) No sesgada.
4) Anotaciones corregidas y revisadas.
5) Secuencias actualizadas.
6) Concreta para el ámbito de estudio, revisada por expertos en el tema.
Con estas líneas, presentamos la base de datos de Helix BioS del microbioma intestinal humano para estudios de metagenómica basados en el rRNA 16S. Estas secuencias han sido buscadas y curadas por nuestro equipo de profesionales, en las principales bases de datos, como Refseq, SILVA, LPSN, etc. Cada secuencia ha sido analizada y corregida, eliminando duplicadas, secuencias con errores, revisando la taxonomía y actualizándola.
Se han buscado las especies bacterianas asociadas al microbioma intestinal, agrupadas en diferentes grupos funcionales, bajo la guía y supervisión de profesionales en microbiología intestinal.
Esta nueva versión, desarrollada en el 2022, presenta una reestructuración completa de la anterior, con un grado mas elevado de curación, actualización y concreción, lo que permite la obtención de resultados de gran calidad en los estudios de Metabarcoding asociados a microbioma intestinal humano.
COMPOSICIÓN Y ESTRUCTURA
Se presentan dos bases de datos, ambas contienen la misma información taxonómica del rRNA 16S pero el formato está adaptado para ser usado con diferentes algoritmos:
• Especifica: esta base de datos es la que recomendamos usar para alineadores tipo BLAST, CD-HIT, etc.
• Sintax: esta base de datos esta formateada para usarla con algoritmos predictivos como Sintax (usearch), Vsearch, etc.
Actualmente constan de 5750 entradas, divididas en los siguientes grupos funcionales:
1) Microbiota Inmunomoduladora: entre las que se incluyen especies de Enterococos, Estafilococos, Blautia y Eschirichia coli.
2) Microbiota protectora: entre las que se encuentran especies de Lactobacilos, Eubacterias, Bifidobacterias, Bacteroides, Estreptococos.
3) Microbiota muconutritiva: entre las que se encuentran los géneros Roseburia, Eubacteria y Ruminococos.
4) Microbiota consumidora de moco: entre las que se encuentran especies de los géneros Bifidobacterias, Ruminococos, Bacteroides.
5) Microbiota productora de butírico: entre los géneros de este grupo se estudian Clostridios, Eubacterias, Anaerobutiricum, Butiricocos.
6) Microbiota portadora de toxina de zonula occludens y toxina ace: grupo formado por bacterias de la familia Vibrionaceae.
7) Microbiota proteolítica: en este grupo se encuentran especies de Fusobacterias, Clostridios, Pseudomonas, Enterobacterias, Eubacterias, Enterococos.
8) Microbiota portadora de lipopolisacáridos e inflamativa: entre las que se incluyen especies de los géneros Fusobacterias, Bacteroides, Bacteroidetes.
9) Microbiota neuromoduladora: incluyendo Bacteroides, Lactobacillus, Parabacterides, Lactococos.
10) Microbiota productora de Metano: incluyendo los principales géneros de archaeas.
11) Microbiota productora de histaminas y aminas biogenas: que incluye, entre otros, los generos Proteus, Pseudomonas, Lactococos, Lactobacilos.
12) Microbiota productora de sulfuro de hidrogeno: que incluye Fusobacterias, Campilobacterias, entre otros.
13) Microbiota reguladora del metabolismo cardiovascular, obesidad y homeostasis energetica: incluyendo Prevotelas, Bacteroides y Ruminococos.
14) Microbiota patógena oportunista: entre las que se incluyen aquellas Fusobacterias patógenas, Salmonella, Clostridium difficile, Klebsiella.
15) Otra microbiota proteolítica: con Clostridios, Citrobacterias, etc.
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