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Scripts Bioinformática
10/28/2021
Grupos de Scripts desarrollados por Helix BioS para análisis bioinformáticos: -Chip-seq: scripts necesarios para realizar un análisis completo de datos de Chip-Seq. Este proceso incluye el alineamiento, detección de picos y sitios de unión y comparación con bases de datos. -Ensamblado de novo Bacterias Virus: scripts necesarios para realizar un ensamblado de Novo completo de genomas víricos y bacterianos. Este proceso abarca desde el control de calidad, ensamblado, así como la evaluación y curado del ensamblado manera automática y directa. -Ensamblado genoma de novo: scripts necesarios para realizar un ensamblado de Novo completo de genomas sin importar la especie. Este proceso abarca desde el control de calidad, ensamblado, así como la evaluación y curado del ensamblado manera automática y directa. -Exomas_completos: scripts necesarios para realizar un análisis completo de Single Nucleotide Variants (SNV) en datos de exoma completo. Este pipeline recoge desde el control de calidad, hasta la detección, filtrado y anotación de los SNV que se encuentren (SNPs e Indels). -Exomas_GATK: scripts necesarios para realizar un análisis completo de Single Nucleotide Variants (SNV) en datos de exoma completo. Este pipeline recoge desde el control de calidad, hasta la detección, filtrado y anotación de los SNV que se encuentren (SNPs e Indels). -Exomas_Panel: scripts necesarios para realizar un análisis completo de Single Nucleotide Variants (SNV) en datos de Paneles Genéticos. Este pipeline recoge desde el control de calidad, hasta la detección, filtrado y anotación de los SNV que se encuentren (SNPs e Indels). -Exomas_Trios: scripts necesarios para realizar un análisis completo de Single Nucleotide Variants (SNV) en datos de exoma completos provenientes de estudios de tríos familiares (Padre, Madre y descendiente). Este pipeline recoge desde el control de calidad, hasta la detección, filtrado y anotación de los SNV que se encuentren (SNPs e Indels). -Metagenomica_16s: scripts necesarios para realizar un análisis completo de metagenómica de amplicones, orientado al 16s bacteriano (metabarcoding bacterial 16S) basado en OTUs. Abarca desde el control de calidad, clusterización y eliminación de quimeras, creación de tabla de OTUs, asignación taxonómica y medición de índices de diversidad. En estos pipelines se usan tanto la suite de estudio de metabarcoding de Usearch como Kraken2. -Metagenomica_18s: scripts necesarios para realizar un análisis completo de metagenómica de amplicones, orientado al 18s eukariota (metabarcoding eukaryotal 18S) basado en OTUs. Abarca desde el control de calidad, clusterización y eliminación de quimeras, creación de tabla de OTUs, asignación taxonómica y medición de índices de diversidad. Este pipeline usa como programa principal Usearch. -Metagenomica_ITS: scripts necesarios para realizar un análisis completo de metagenómica de amplicones, orientado al ITS de hongos (metabarcoding fungal ITS) basado en OTUs. Abarca desde el control de calidad, clusterización y eliminación de quimeras, creación de tabla de OTUs, asignación taxonómica y medición de índices de diversidad. -Metagenomica Shotgun: scripts necesarios para realizar un análisis completo de metagenómica/metabarcoding a partir de datos de secuenciación Shotgun de DNA total de una muestra. Este proceso abarca desde la identificación de pathways y taxones presentes en la muestra, así como la detección y cuantificación de genes concretos. -miRNA: scripts necesarios para realizar un análisis completo de miRNA (micro RNA), desde su detección, tanto canónicos como de Novo, así como la obtención de las métricas de expresión de manera automática y directa. -RNA_circular: scripts necesarios para realizar un análisis completo de RNA circulares (circRNA), desde su detección, reconstrucción, así como la obtención de las métricas de expresión de manera automática y directa. -RNA-seq: scripts necesarios para realizar un análisis completo de expresión a partir de datos de RNA-seq, incluyendo el alineamiento, sitios de splicing de Novo y detección de transcritos de Novo; así como la obtención de las métricas de expresión de manera automática y directa. -Transcriptoma_denovo: scripts necesarios para realizar un ensamblado de transcriptoma de Novo completo. Incluyendo los controles de calidad, ensamblado de transcritos, filtrado y comparaciones con bases de datos de manera automática y directa. -Variant_calling: scripts necesarios para realizar un análisis completo de variantes del tipo SNV (single nucleotide variants), que incluyen SNPs e Indels. Estos scripts están optimizados para que puedan ser usados sobre cualquier especie/genoma de referencia. -Variant_calling_rnaseq: scripts necesarios para realizar un análisis completo de variantes del tipo SNV (single nucleotide variants), que incluyen SNPs e Indels, sobre datos de RNA-seq. Estos scripts están optimizados para que puedan ser usados sobre cualquier especie/genoma de referencia.
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La pandemia de Covid-19, decretada el día 11 de marzo de 2020 por la OMS, ha conseguido llevar al límite nuestros recursos sanitarios, en especial, los hospitalarios. La neumonía severa causada por HCoV patógenos a menudo se asocia con una rápida replicación del virus, infiltración masiva de células inflamatorias y elevadas respuestas de citoquinas/quimioquinas proinflamatorias (conocida como “tormenta de citoquinas”) que resultan en lesión pulmonar aguda y síndrome SDRA. Los trastornos de coagulación e incluso algunas de las alteraciones pulmonares y neurológicas podrían estar en relación con un síndrome antifosfolípido. Estas características clínicas sugieren la probabilidad de implicación de una afección altamente proinflamatoria en la progresión y gravedad de la enfermedad. El transcriptoma es una poderosa aproximación del estado fisiológico de una célula, sana o enferma siendo, por lo tanto, una herramienta clave para comprender los cambios moleculares que acompañan a las infecciones de las células eucariotas. La creciente sensibilidad de la secuenciación de RNA de alto rendimiento ahora permite estudios de "doble secuencia de RNA", capturando simultáneamente todas las clases de transcripciones codificantes y no codificantes tanto en el patógeno como en el huésped. No tenemos una clara visión de cómo es la interacción patógeno-huésped con la infección por SARS-CoV-2, sobre todo en los pacientes más graves. La caracterización de la respuesta transcripcional del huésped a la infección por SARS-CoV-2 mediante técnicas de RNA-seq permitiría obtener como resultado, la identificación de genes y la cuantificación de sus niveles de expresión de aquellos genes que tengan un papel preponderante en las respuestas celulares inmunes y metabólicas a la infección por SARS-CoV-2. El objetivo de este proyecto es establecer el perfil transcriptómico de pacientes leves y graves por Covid19, que permitan una mejor comprensión de las bases moleculares de la enfermedad permitiendo un amplio rango de aplicaciones, especialmente en: - Identificación de marcadores de expresión los cuales, permita una predicción temprana del agravamiento de la enfermedad pudiendo anticipar pautas terapéuticas. - Seguimiento de la evolución del paciente grave, a través de los marcadores de expresión, con el fin de determinar el grado de respuesta al tratamiento. - Correlación el perfil transcriptómico a la respuesta a nuevos tratamientos, incluyendo el reposicionamiento de fármacos. Helix BioS somos una empresa biotecnológica, con presencia en España y Perú, con más de cuatro años de experiencia en el desarrollo de soluciones integrales basadas en el análisis computacional de datos genómicos, con aplicación en el sector clínico, investigación biomédica e industria. Habiendo participado en numerosos proyectos de investigación básica y aplicada, colaborando con diversos grupos de investigación y empresas de alto nivel en España y Latinoamérica.
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Luego de varias semanas de cuarentena hemos sido testigos de centenares de vídeos y fotografías de avistamientos de luces y posibles objetos extraños en el cielo de ciudades de prácticamente todo el mundo. ¿Por qué está ocurriendo esto? ¿Es qué tenemos más tiempo de mirar al cielo o ALGO más está por ocurrir? Últimamente las...
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Para los creyentes de los viajes en el tiempo, existe una historia que ha sido debatida como un hecho histórico o una simple leyenda sorprendente. El proyecto Caballo de Troya y la posibilidad de un salto temporal real. Este hecho se encuentra narrado en un libro en formato de serie o saga de 10 novelas,...
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DONDE INICIO OTP
03/29/2016
Este video lo dedico a tantas personas que han hecho posible que cumpla mis sueños. El poder desarrollar un sistema de intervención policial que garantice las seguridad de los policías y lo ciudadanos, el cual esta recorriendo muchos países del mundo y me ha forzado a capacitarme no solo en lo profesional, si no también en lo académico hasta llevarme,en la actualidad a estar realizando un doctorado en Ingeniería Biomedica, con el cual demostrar en el ultimo paso la eficacia científica de la ope
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DONDE INICIO OTP
03/29/2016
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Serie TV: MEJOR CADA DÍA. Programas de actualidad sobre educación, salud, alimentación, conflictos familiares, etc. El matrimonio, unido por los lazos de la verdadera amistad, tiene muchas más posibilidades de éxito y permanencia en el tiempo.
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Serie TV: MEJOR CADA DÍA. Programas de actualidad sobre educación, salud, alimentación, conflictos familiares, etc. La amistad es la base más sólida sobre la que comenzar a construir una relación estable de pareja.
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Amar es suficiente
10/17/2009
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No somos pobres
10/13/2009
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El año de la peste.
04/04/2020
Cuando la ficción se empata con la realidad. Título: El año de la peste. Director: Felipe Cazals. Año: 1979. Escritor / Guión: Gabriel García Marquez  y Juan Arturo Brennan, basado en la novela Diario del año de la peste de Daniel Defoe. Fotografía: Javier Cruz. Actúan: Alejandro Parodi, José Carlos Ruiz, Rebeca Silva, Ignacio Retes, Humberto Elizondo, Tito Junco, Alberto Isaac, Narciso Busquets, Daniela Romo. El año de la peste, es una película del género catastrófico, situada en la ciudad de
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Mariana, Mariana.
05/17/2020
Por alto esté el cielo en el mundo... Basada en la novela de José Emilio Pacheco  Las batallas en el desierto, Mariana, Mariana, es una película que cuenta dos historias: Narra la historia del despertar de un adolescente, que descubre en Mariana a «la mujer», una mujer muy diferente de su mamá y de sus hermanas. Por otro lado, situada en la Ciudad de México a finales de los años cuarenta, también cuenta una historia de esa época de transición: el México pos-revolucionario, la presidencia de Mig
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Una guía práctica, legal y honesta para quienes quieren ejercer profesionalmente en el mundo del comportamiento canino. Porque ya no basta con amar a los animales: hay que intervenir con estructura, ética y formación acreditada.
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A fuxida do pesqueiro "Arkale"
09/10/2024
Descríbese a evasión de 38 persoas no pesqueiro Arkale desde o porto de Cariño o 24 de xullo de 1936, e das peripecias vividas polos evadidos durante a Guerra Civil e no exilio en Francia e Chile.
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Las Hurtado y de Mendoza
05/31/2024
Cuando el petróleo aun yacía en el subsuelo venezolano, el cacao era nuestro oro dulce y en torno a él se construyó una sociedad que luego reclamaría como propios los frutos de su comercio. Agustín y Cipriana Hurtado y de Mendoza, españoles, hicieron suya la tierra del cacao. Aurelia, su hija, creció con su sabor en los labios y su aroma en la piel bronceada por el sol de las costas aragüeñas, mientras los ideales libertarios de la Ilustración europea, modelaban su pensamiento. Sus hijas, Amaranta, Anastasia y América, heredaron su pasión por el cacao y la libertad, y las cuatro serán determinantes en la emancipación de la pequeña Venecia. Las Hurtado y de Mendoza: independencia con nombre de mujer y aroma a cacao.
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TORMENTA
10/31/2023
Tormenta. TagLine: “Non me deixes nunca” LogLine: Cando dous amigos se atopan despois de 25 años comenzan a vivir unha intensa e tóxica relación xuntos que en algún momento precisan rematar. StoryLine: Cando Jose se reencontra con Alicia despois de 25 años, sinte que segue enamorado dela pero Alicia non o lembra. Comenzan unha nova e intensa vida xuntos. Deixan atrás o seu pasado, pero non tódolos seus medos e os seus segredos. Para poder vivir e non facerse dano nesta relación tóxica, teñen que separarse definitivamente, para sempre. Sinopse – short. Jose (41) ten un síndrome postraumático tras un accidente. Na súa recuperación e ainda en tratamento, reencóntrase despois de 25 años con Alicia (43), a súa millor amiga do instituto. Sinte que segue enamorado dela pero Alicia non o lembra. Conectan porque existe algo cercano que os une e comenzan unha relación xuntos, intensa, emocionante, pero cada vez máis obsesiva a medida que coñecen as súas vidas e os seus segredos. Teñen que renunciar e esquecer o seu pasado para entregar a súa vida a esta nova viaxe xuntos. Ahora teñen a experiencia e o coñecemento para ser millores. É a súa última oportunidade. As paranoias de Jose súmanse aos medos e adiccións de Alicia. Jose sinte que todo está a suceder na súa mente por iso non quere despertar á realidade. Os incomprensibles feitos e acontecementos do seu entorno e as súas actitudes cara eles pervirten e afogan a súa relación converténdose en obsesiva. Deben separarse definitivamente para non enloquecer e anular as súas vidas. Teñen que esquecerse pero non poden. Alguén ten que tomar a decisión.
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